Illumina Infinium MethylationEPIC v2.0(Illumina 935K甲基化芯片),該產品是Illumina MethylationEPIC v1.0的升級版本,包括超過935,000個CpG位點,同時最大限度地兼容MethylationEPIC v1.0(Illumina 850K甲基化芯片)。
EPIC v2.0在原EPIC v1.0的基礎上經過評估,將原芯片中性能較差的探針移除和替換。同時增加了186000個CpG位點,靶向增強子、超級增強子、CTCF結合位點、CNV檢測區域以及EPIC v1.0上未充分覆蓋的CpG島和常見的癌癥驅動突變。此外,EPIC v2.0還增加了經ATAC-Seq和ChIP-Seq實驗鑒定的染色質開放區域。
2EPIC v2.0 與EPIC v1.0/450K芯片等前序版本的高度兼容性
2EPIC v2.0與前序產品的異同比較

2EPIC v2.0覆蓋的基因組區域

2高度準確和精確的甲基化數據
Infinium甲基化分析法能夠檢測到0.2的beta值差異,假陽性率低于1%,從而實現了較高的分析靈敏度,同時也具有極好的數據可重現性。如下圖所示(A)EPIC v2.0技術重復相關性R2>0.99(B)EPIC v1.0和v2.0的交集探針間的相關性R2>0.99。(C)EPIC v2.0數據與甲基化測序(100×測序深度)的相關性R2>96%。

2可適用于FFPE樣本檢測
目前生物樣本庫中的大部分標本都是FFPE樣本,這些樣本不但數量眾多,而且多包含有詳細的病理及隨訪信息,是進行疾病機制研究的珍貴材料。不過經福爾馬林固定、石蠟包埋后的FFPE樣本所抽提的DNA質量很差,不但片段化嚴重,而且會出現大量的未知化學修飾與交聯。Illumina為FFPE樣本的甲基化檢測改進了protocol,對于FFPE樣本可獲得更可靠而穩定的結果。
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