由于單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)對于器官或者固體組織制備的細(xì)胞懸液的細(xì)胞活性和細(xì)胞數(shù)目有著較高的要求,受限于樣本解離過程,主要存在以下問題:
2僅適用于新鮮組織樣本,對于凍存樣本,由于細(xì)胞已經(jīng)喪失活性,因此無法開展單細(xì)胞測序。
2解離過程會(huì)誘導(dǎo)應(yīng)激基因的表達(dá),引起細(xì)胞轉(zhuǎn)錄模式發(fā)生“人為改變”(artifactual transcriptional stress responses),造成轉(zhuǎn)錄偏好(bias)。這樣獲得的數(shù)據(jù)無法真實(shí)的反應(yīng)樣本的細(xì)胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài),結(jié)果的可靠性大大降低。
2對于很多實(shí)體組織,如腦、心臟、腎臟等,蛋白酶傾向于將易于解離的細(xì)胞類型解離下來,因此會(huì)丟失不易解離的細(xì)胞;同時(shí)一些較為敏感的細(xì)胞可能會(huì)因?yàn)榻怆x過度而破碎。這樣,解離過程無法有效的獲取到組織中的所有細(xì)胞類型,結(jié)果的準(zhǔn)確性大為降低。
這就意味著 “躺在”超低溫冰箱中的大量珍貴臨床樣本都無法進(jìn)行scRNA測序。而單細(xì)胞核RNA測序技術(shù)(snRNA-seq)的出現(xiàn),則在很大程度上解決了以上問題。
單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組測序(Single Nuclei RNA Sequencing,snRNA-seq)是通過提取樣本單細(xì)胞核,基于單細(xì)胞測序平臺(tái)分離、標(biāo)記細(xì)胞核,在單細(xì)胞水平研究核基因表達(dá)檢測的技術(shù)。為腦組織、心臟、腎臟等復(fù)雜組織或一些珍稀凍存樣品提供了單細(xì)胞水平研究應(yīng)用平臺(tái),可挖掘更多潛在的致病細(xì)胞類型,更易于探討腫瘤細(xì)胞異質(zhì)性和致病機(jī)理。
適用范圍
2凍存組織樣品;克服新鮮樣品時(shí)效性限制;
2難以制備單細(xì)胞懸液的組織樣品;
2減少解離偏差,能更好地保留細(xì)胞類型多樣性;
2不需要酶促消化,真實(shí)反映細(xì)胞的組分。
服務(wù)優(yōu)勢
2操作簡單:采用直接抽核方式,而且核膜比細(xì)胞膜穩(wěn)定,操作相對簡單;
2適用范圍廣:新鮮/凍存、難消化、復(fù)雜組織類型均可,并且無細(xì)胞粒徑活性局限;
2結(jié)果精準(zhǔn):解離過程中無人為引入“轉(zhuǎn)錄偏好”,結(jié)果真實(shí)可靠;
2信息全面:組織細(xì)胞消化均一性好,獲取真實(shí)的細(xì)胞類型組成和比例,鑒定細(xì)胞類型更全面和完整。
樣本要求
2樣本取樣:組織重量>100mg,冰凍組織抽核的臨床手術(shù)樣本及新鮮組織取樣后盡快進(jìn)行液氮速凍,抽核前提取RNA進(jìn)行RIN值檢測,RIN≥7;新鮮組織抽核樣本,離體后須盡快放到加入組織保存液的EP管中;
2樣本保存:冷凍樣本-80℃保存,建議保存時(shí)間≤6個(gè)月;新鮮組織取樣后建議48h內(nèi)運(yùn)輸至公司;
2樣本運(yùn)輸:新鮮組織4℃冰袋運(yùn)輸;冷凍樣本干冰運(yùn)輸。
專注組學(xué) 精準(zhǔn)定位 用心服務(wù) 幫您實(shí)現(xiàn)科研價(jià)值
——