隨著單細胞數據的急速積累和大量單細胞文章的不斷發表,單細胞數據的分享展示和數據挖掘,成為越來越多單細胞領域研究者的迫切需求。經過公司生信部門和技術部門的協作,結合我們幾年來的單細胞項目生信分析經驗,我們運行維護著的交互式單細胞數據展示網站(Seecell Cloud):該網站可面向項目客戶,提供單細胞分析數據的互動展示與在線分析,方便客戶分享和展示自己的單細胞測序數據。
中科普瑞單細胞數據展示平臺參考了國內外知名的單細胞數據展示網站,如:哈佛大學劉小樂教授實驗室的TISCH平臺(圖1.1), 中國國家大數據中心的VipMap平臺(圖1.2), 扎克伯格夫婦的cellxgene平臺(圖1.3)等。

圖 1.1 哈佛大學劉小樂教授實驗室的TISCH平臺

圖 1.2 中國國家大數據中心的VipMap平臺

圖 1.3 扎克伯格夫婦的cellxgene平臺
上述平臺均為公開的單細胞數據展示平臺,各有特色:有的平臺涉及樣本類型全面、數據龐大;有的功能全面,從基礎分析到后面的降維聚類分析;有的在展示數據時提供了很多不同角度的參考。這些網站為我們的網站設計提供了很多思路和啟發。
在設計網站功能和界面的時候,我們最終決定專注在數據展示上, 力求用簡潔的方式展示客戶群體最感興趣的信息。 在此基礎上,為照顧客戶的數據隱私,我們為客戶設立了專有賬戶。 擁有賬戶的客戶可以登錄并查看數據,如圖1.4所示。客戶可以:
? 選擇感興趣的數據集:數據包含私有數據集和精選公共數據集(圖1.5); ? 查看不同的樣本細胞所占的比例(圖1.5); ? 在線查看相應的降維聚類圖(t-SNE或umap)并帶有保存功能(圖1.6); ? 對感興趣的基因進行探索:可以展示基因表達圖(圖1.7)和 小提琴圖(圖1.8); ? 查閱每一群的特征基因(圖1.9)。

圖 1.4 中科普瑞單細胞數據展示平臺 - 登錄界面 圖 1.5 中科普瑞單細胞數據展示平臺 - 第一部分數據展示 圖 1.6 中科普瑞單細胞數據展示平臺 - 第二部分聚類分群 圖 1.7 中科普瑞單細胞數據展示平臺 - 第三部分基因展示(特征圖) 圖 1.8 中科普瑞單細胞數據展示平臺 - 第三部分基因展示(小提琴圖) 圖 1.9 中科普瑞單細胞數據展示平臺 - 第四部分特征基因 在研發過程中,我們也十分重視客戶的體驗感,希望客戶可以很快上手。因此,在每個標題的部分,我們也增加了幫助功能。其中,“i”圖標包含各種輸出結果的生物意義解釋;“?”圖標包含各模塊的使用方法說明。在側邊欄中,也有全面的網站說明,可供查閱。 參考文獻 github. 2020. “GitHub.” https://github.com/. Hao, Yuhan, Stephanie Hao, Erica Andersen-Nissen, William M. Mauck III, Shiwei Zheng, Andrew Butler, Maddie J. Lee, et al. 2021. “Integrated Analysis of Multimodal Single-Cell Data.” Cell. https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.04.048. Merkel, Dirk. 2014. “Docker: Lightweight Linux Containers for Consistent Development and Deployment.” Linux Journal 2014 (239): 2. R Core Team. 2016. R: A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna, Austria: R Foundation for Statistical Computing. https://www.R-project.org/. RStudio, Inc. 2013. Easy Web Applications in R.








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