單細胞測序技術在2018年飛速發展,各類技術和應用紛紛上線,中科普瑞于2019年1月8日,整合IsoTex-BD China單細胞研究聯合實驗室近一年的研發測試和應用,正式投入科研服務應用,成立了BD(中國)- 中科普瑞單細胞研究聯合實驗室。

技術方案
為了更好地聚焦單細胞腫瘤臨床研究應用,中科普瑞推出了單細胞研究系統解決方案,立足于BD Rhapsody 單細胞研究平臺開展單細胞全轉錄組和靶向轉錄組測序服務,并以單細胞腫瘤臨床研究為中心,著力進行單細胞甲基化檢測等技術研發和應用,進而建立涵蓋單細胞甲基化研究、單細胞轉錄組研究以及單細胞蛋白組研究的立體式系統解決方案。通過BD Rhapsody平臺,在單細胞水平構建從多樣本mRNA全轉錄組測序到多樣本靶向測序技術的完整研究體系,同時利用最新的BD? AbSeq assay檢測單細胞水平的蛋白表達,實現特異高效檢測單細胞轉錄組和蛋白組的多組學研究方案技術。為了進一步降低單細胞研究實驗成本,提高效率,中科普瑞研發了單細胞測序多樣本標記解決方案(海膽捕獲技術),為單細胞研究提供新的思路。
樣本準備
獲得新鮮的高質量的生物樣本并妥善保存是做好單細胞測序的第一步,對最終獲得高質量的單細胞測序結果至關重要,為了提升單細胞研究的效率和質量,中科普瑞自主開發和代理了Sinotech?組織樣本凍存試劑盒,為您的轉錄組研究保駕護航!
Sinotech?組織樣本凍存試劑盒主要應用于對新鮮組織樣本(人源臨床腫瘤樣本或移植物,小鼠組織器官樣本等)進行迅速妥善地凍存,盡可能維持組織樣本原有的組織結構和生物活性。為整合不同批次獲得樣本的集中實驗以及樣本遠距離運輸提供時間、空間上的便利,Sinotech?組織樣本凍存試劑盒采用了優化配比的凍存保護液配方,含有以DMSO等多種對生物組織樣本有特殊保護功能的凍存保護劑成分,既可快速均勻地滲透進入組織樣本,保持組織樣本中細胞結構以及核酸、蛋白質等亞細胞組分的穩定不變,也盡可能地減少組織樣本在降溫過程中受到不規則冰晶帶來的損傷。為后續的下游實驗(組織酶解消化為單細胞懸液、組織提取總RNA、組織提取總蛋白等)的順利進行提供實驗保障。

根據實驗經驗,經妥善地凍存復蘇后的組織樣本,進行酶解消化獲得的單細胞懸液,其細胞活力與細胞數目等參數均與用新鮮組織樣本獲得的單細胞懸液相近。該試劑盒可廣泛適用于人或小鼠的多種組織器官樣本的凍存保護,例如肝癌組織、肺癌組織、乳腺癌組織、卵巢癌組織以及腦膠質瘤組織等。

樣本制備及質檢
得到了高質量的生物樣本,還需要制備高活性的單細胞懸液,才能得到高質量的結果。為了保證客戶單細胞測序的實驗質量,避免人為操作影響生物樣本的正常生理狀態,在單細胞懸液制備過程在中,要盡量避免細胞破損以及下游分子實驗抑制劑的污染,減少細胞的黏連和聚集,中科普瑞自主開發了Solo?組織酶解試劑盒,提供全面的、詳細的單細胞懸液制備指導。
Solo?組織酶解試劑盒主要應用于少量的新鮮或妥善凍存的組織樣本(人源臨床腫瘤樣本或移植物,小鼠組織器官樣本等),可溫和高效地獲得高質量的(高細胞活力、足量細胞數目、較少細胞黏連和聚集)單細胞懸液。該試劑盒采用了優化配比的復合消化酶配方,含有多種膠原酶及蛋白酶活性成分,既可快速有效地消化細胞外基質從而釋放單個細胞,也盡可能保證了消化過后細胞膜表面蛋白的完整。為后續的下游實驗(單細胞mRNA轉錄組測序;基于抗體標記的多樣本標記;基于抗體標記的流式分析或分選;基于抗體標記的磁珠分選)的順利進行提供實驗保障。

由于腫瘤組織以及正常組織樣本的細胞異質性,應用Solo?組織酶解試劑盒進行組織樣本的酶解消化,通??色@得包括腫瘤細胞、基質細胞以及浸潤的淋巴細胞等在內的多種細胞類型。該試劑盒適用于人或小鼠的多種組織器官樣本的消化酶解,例如肝癌組織、肺癌組織、乳腺癌組織、卵巢癌組織以及腦膠質瘤組織等。

單細胞測序技術
隨著技術進步,科學家們越來越傾向于研究單個細胞內RNA的變化,從而揭示了細胞行為的全新水平。但是目前單細胞RNA測序存在若干難點和痛點。單次實驗成本高,高昂的單細胞捕獲建庫費用,加上海量單細胞轉錄組測序費用,使得很多科研人員對單細胞實驗望而卻步。單次實驗通量低,單細胞上機實驗只能以低通量模式,分批次分離捕獲多個臨床樣本,極大阻礙了科研項目的實驗數據積累進度。批次差異影響實驗結果,不同樣品分批次上機捕獲、建庫和測序帶來顯著的批次效應,極大的影響了實驗結果的一致性和可信度。單細胞捕獲實時監控難,常規需要完成捕獲建庫測序的全部流程,最終通過生信分析才能得知真實捕獲的細胞數目是否符合預期。
為了解決這些難點和痛點,結合BD適用于單細胞靶向轉錄組測序的多樣本標記試劑盒,中科普瑞開展一系列預實驗,通過各項研究和驗證,獨立開發出了適用于單細胞轉錄組測序的多樣本標記技術 — 海膽捕獲技術,該技術包含了兼容多樣本標記和單細胞轉錄組測序的完整建庫流程,以及適配優化的樣本標簽識別流程算法,在單細胞轉錄組測序的實驗過程中,實現高效的單細胞樣品標記和生信算法識別。該技術存在的優勢可以有效解決單細胞測序研究中的種種難點,從而在保證單個基因測序數據的前提下,極大降低了單個樣本的測序成本。

中科普瑞海膽捕獲技術能實現實時監控、平行檢測,BD Rhapsody 平臺可通過實時樣品,監測監控實驗質量;通過海膽捕獲技術可以平行化檢測來自于不同樣本的數萬細胞的轉錄組表達情況,精確度和維度都具有極大優勢,使得更大規模臨床數據采集更為可行???span style="box-sizing: border-box; font-weight: 700; margin: 0px; padding: 0px;">降低成本,提高效率,海膽捕獲技術可以在一次實驗同時完成多個樣品的單細胞轉錄組測序,使單細胞測序成本進一步下降,使科學家可以用一定的科研經費完成更多的樣本數目;同時提高了單次實驗的樣本通量,有助于加快科研項目的實驗數據積累進度,提高科研效率。精準可靠、規避批次差異,海膽捕獲技術可以保證多個樣本來源的細胞,同步經歷單細胞轉錄組捕獲,反轉建庫,測序分析的完整流程。有效避免了由于不同批次上機和測序帶來的批次效應的對于最終實驗分析結果的干擾,進一步保證了單細胞轉錄組測序實驗結果的準確性。
生物信息解決方案
中科普瑞擁有經驗豐富的單細胞生信分析團隊和專用高性能服務器,在保證專業高效的基礎流程分析上,提供多角度、多維度的個性化補增分析,全面滿足不同層次分析需求。

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