空間轉錄組是指從一個完整的組織樣本中獲得全部的轉錄組數據，并且能夠從時間和空間上反應組織在特定區域的表達情況。是一項突破性的技術，彌補了傳統單細胞轉錄組測序所不能體現的位置信息，對于RNA轉錄后水平的調控具有重要意義，對細胞功能的探究提供了更加精確的依據，對于理解疾病病理學也至關重要。廣泛應用于腫瘤研究、免疫研究、發育生物學、腦神經學、病理學等領域。
技術原理
對新鮮冷凍組織進行切片并放置在含有與RNA結合捕獲探針的載玻片上，進行固定、染色和透化，促使細胞中的mRNA釋放，mRNA從組織的近端位置結合捕獲寡核苷酸，以捕獲的RNA為模板進行cDNA合成，構建文庫并進行測序，最后進行可視化分析。
空間轉錄組實驗流程
技術優勢
?對多種樣本的完整組織切片實現無偏且高通量的基因表達分析
?分析同一組織切片的組織學和mRNA圖譜，發現新的組織標志物
?揭示生物學結構，并了解局部細胞在正常組織和患病組織中如何相互作用
?在開展基因表達研究時不再需要解離樣本
?表征細胞群體，而無需預先了解細胞亞型或細胞標志物
?分析和了解基因表達異質性以及這對生物系統有何貢獻
?通過增加基因表達信息來確認、鑒定或排除形態學結論
應用方向
?腫瘤異質性
?組織形態學
?宿主移植反應
?組織發育機制
?治療干預反應
?生物標志物發現
?細胞圖譜
?……
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