ATAC-seq測序全稱為Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing,是2013年由斯坦福大學William J. Greenleaf、Jason Buenrostro和Howard Y. Chang實驗室開發的用于研究染色質可及性(通常也理解為染色質的開放性)的方法,原理是通過轉座酶Tn5容易結合在開放染色質的特性,然后對Tn5酶捕獲到的DNA序列進行測序。
我們每個人體細胞含有兩米長的DNA,緊密地包裹在微觀核中。ATAC-seq可識別DNA的哪些部分被解開,從而能有蛋白接近進行調控。基因受許多不同的蛋白質調控。例如,轉錄因子與DNA結合,并進行讀取。有無數的轉錄因子,每一個都識別并結合非常特異的DNA序列。該序列稱為motif,因為它非常具有特異性,所以可以在ATAC-seq數據中進行標記。該技術廣泛的應用于基因組學界,例如人類細胞圖譜項目,用于理解和繪制基因組功能。但是其復雜的過程耗時且效率低,只有一小部分細胞能產生可靠的結果。
ATAC-seq可一次性得到整個基因組上的開放染色質圖譜,可用于探究轉錄因子結合,基因表達調控等生物學過程。比較發育不同階段、不同實驗條件下開放染色質圖譜的變化,可進一步探究特定的生物學機制,比如胚胎發育的不同階段,腫瘤相對正常組織開放染色質圖譜的變化等等。
技術優勢
?超高通量:每個通道可容納5000~10000個細胞核
?超強捕獲:細胞核捕獲率高達65%
?適用廣泛:適用于細胞系、原代細胞、新鮮和凍存樣本的研究
?精細分析:可對單細胞基因調控網絡進行精細化分析
應用方向
?研究細胞異質性
?探索生物標志物
?定義細胞類型
?構建基因調控網絡
2020-02
2020年2月4日,中共中央政治局常委、國務院總理、中央應對新型冠狀病毒感染肺炎疫情工作領導小組組長李克強主持召開領導小組會議。會議指出,要提高檢測確診能力,縮短檢測時間,從全國疾控系統調派檢測力量支援武漢,允許符合條件的第三方檢測機構開展核酸檢測。2月5日,中科普瑞積極響應參與… [了解更多]
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