一、cfDNA甲基化研究背景和方案簡介
cfDNA(Cell Free DNA)是血漿中的游離核酸，是細胞凋亡、壞死釋放出來的DNA片段。癌癥患者的cfDNA中還含有來自于腫瘤的ctDNA(Circulating Tumor DNA)，是腫瘤液體活檢的分子基礎。與健康對照相比，癌癥患者的cfDNA總量增加，而在治療后降低。目前，cfDNA檢測的已用于腫瘤無創早篩、預后、伴隨診斷和用藥指導等領域。
cfDNA的甲基化模式包含豐富的信息，如可追溯組織來源。健康個體的cfDNA來自白細胞（55%）、紅細胞祖細胞（30%），血管內皮細胞（10%）和肝細胞（1%）。通過對cfDNA的甲基化檢測，識別健康和病理條件下的特異性cfDNA，從而確定體內死亡細胞和來源，推斷患者可能患有的疾病。然而，cfDNA的甲基化檢測由于起始量低，通常以低通量技術進行檢測。若采用全基因組范圍的甲基化測序，通常需要很高的測序深度，花費昂貴的實驗費用。
為了解決痛點，中科普瑞繼SINO FFPE 甲基化研究解決方案后，基于850K甲基化芯片平臺，推出SINO cfDNA 850K甲基化芯片解決方案，突破cfDNA樣本總量低、片斷化嚴重的難題，為相關領域的科研人員帶來全新的DNA甲基化檢測體驗。
與常規的DNA甲基化檢測不同，SINO cfDNA 甲基化研究解決方案在bisulfite轉化后，采用優化處理與線性擴增，提升cfDNA質量和芯片雜交效果，實現低起始量、高重復性、高檢出率的cfDNA全基因組甲基化分析。
二、SINO cfDNA甲基化研究解決方案可靠的數據質量
SINO cfDNA 甲基化研究解決方案對不同腫瘤、不同DNA input量，輸出產出數據質量可靠。探針檢出率約99%，芯片數據箱線圖、β值密度曲線圖完整無異常。
cfDNA測試樣本探針檢出率統計
cfDNA測試樣本數據質控圖
二、SINO cfDNA甲基化研究解決方案優秀的技術重復性
多次技術重復數據顯示，R2>0.95！
如下圖，來自同一個體的cfDNA，分別進行了25ng，30ng以及50ng input的技術重復實驗，芯片數據技術重復性R2分別為： 0.9504， 0.9592和0.9746。
不同cfDNA input量技術重復性評估—相關性熱力圖
不同癌種的區分
不同癌腫的cfDNA數據，呈現不同的甲基化譜。樣本間相關性遠低于技術重復樣本。
如下圖，肺癌DNA、腎癌DNA、肝癌DNA，均以30ng input實驗，芯片數據PASS CpGs比率為分別為99.06%、99.54%、99.69%，樣本兩兩相關性R2分別為0.8572、0.9000、0.8168。
不同腫瘤之間的cfDNA數據相關性評估—相關性熱力圖
三、850K甲基化芯片介紹
Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片（850K）是全基因組DNA甲基化檢測的經典技術。該芯片包含86萬CpG位點，全面覆蓋基因啟動子區、基因編碼區、CpG島以及增強子區域。本芯片是腫瘤、復雜疾病研究，EWAS研究的有力工具。
SINO cfDNA 甲基化研究解決方案通過技術優化，在芯片檢測樣本類型上填補了cfDNA的空白，極大的降低了850K芯片檢測的起始模板量，僅需25ng即可開展全基因組范圍的cfDNA甲基化檢測。
